"Los españoles no tienen otros medios para obtener beneficios ni para mantenerse en [la Nueva España] excepto con la ayuda que reciben de los naturales... [sin su ayuda] no podrán sobrevivir... [y] tendrán que abandonar la tierra... [y] Nuestro Señor Dios y Vuestra Majestad perderán su servicio." — Carta de Hernán Cortés al Emperador Carlos V, 1524

Desde el principio, los conquistadores buscaron como recompensa el control sobre los indígenas para enriquecerse. Implementaron en México el sistema de encomienda, una continuación del sistema de tributo y trabajo preconquista con una redistribución de sus beneficios a los colonizadores (Lockhart, 28). Considerando a los Nativos "súbditos libres", la Corona prohibió explícitamente a los conquistadores establecer el modelo de servidumbre. Sin embargo, lograron obtener la "recompensa" con la amenaza velada de que empacarían sus maletas y abandonarían la empresa colonial. Cediendo, la monarquía exigió que los encomenderos se encargaran de la educación de los naturales a cambio de su trabajo y tributo.

La explotación española de los indígenas continuó, especialmente después de que las epidemias arrasaron las comunidades a lo largo del siglo XVI. Un fuerte declive en el suministro de trabajo y tributo siguió al colapso demográfico, y los encomenderos buscaron obtener la misma cantidad de recursos de la población menguante. Como era de esperar, esto condujo al abuso: según innumerables quejas, los encomenderos asesinaban a los trabajadores indígenas a golpes o los vendían para obtener ganancias.

Las comunidades indígenas presentaban regularmente quejas oficiales sobre los malos tratos que experimentaban. En una carta al Obispo de Oaxaca, Felipe II expresó su preocupación por los naturales en la diócesis. Llegó a sus oídos que la población estaba disminuyendo debido a la violencia de los encomenderos. Aparentemente, la situación era tan grave que las mujeres abortaban debido a las cargas que tenían que llevar o "mataban a sus hijos al nacer, diciendo que lo hacían para liberarlos del abuso que sufrían". Todo lo que el rey realmente podía hacer era exhortar al obispo a intervenir y proteger a los indígenas en Oaxaca.

Encargados del bienestar espiritual de los indígenas, algunos mendicantes intentaron intervenir. Quizás el más conocido fue el fraile dominico Bartolomé de Las Casas. Un encomendero convertido en defensor de los derechos de los naturales, Fr. Las Casas escribió extensamente para denunciar la explotación española.

La Brevísima relación de la destrucción de las Indias (1552), una historia retóricamente gráfica sobre la invasión española en las Américas, es quizás la obra más impactante de Fr. Las Casas. El libro fue publicado poco después de sus famosos debates de 1550-1551 con Juan Ginés de Sepúlveda y otros renombrados eruditos humanistas sobre los derechos y el trato de los indígenas. Ante las autoridades intelectuales del imperio, Fr. Las Casas argumentó hábilmente en contra de la afirmación predominante de que los naturales eran subhumanos debido a sus "crímenes contra la naturaleza", es decir, las prácticas de sacrificio humano, y por lo tanto dignos de esclavización.

Los tratados y apelaciones de Fr. Las Casas a los soberanos dieron ciertos resultados en su vida: influenciado por sus escritos, el Papa Pablo III proclamó la humanidad de los nativos en 1537. Cinco años después, el emperador Carlos V emitió las "Leyes y ordenanzas nuevamente hechas por su Majestad para la gobernación de las Indias y buen tratamiento y conservación de los Indios", que buscaban reemplazar la encomienda con el sistema de repartimiento, donde los funcionarios reales asignaban el trabajo indígena (Himmerich y Valencia, 317). Desafortunadamente, ambas proclamaciones hicieron poco para calmar el abuso local.

La dependencia española en el cuerpo indígena nunca cesó. Como demuestra esta pintura, los descendientes de los conquistadores continuaron aprovechándose del sistema de trabajo forzado hasta el siglo XVIII. Este documento ilustrado detalla las obligaciones de tributo y trabajo del pueblo de Tepeojuma hacia Don Diego de Ordaz. Aparentemente, la comunidad indígena debía enviar mujeres y hombres semanalmente para trabajar en la finca y entregar flores, pavos y leña todos los domingos.

La explotación también persistió. Continuando recibiendo súplicas de las comunidades indígenas, la monarquía emitió repetidamente decretos como el que se muestra aquí para prohibir los excesos. En esta orden impresa del siglo XVIII, el Real Consejo de las Indias relató noticias que había escuchado de que los superintendentes de las haciendas estaban obligando a los trabajadores indígenas a trabajar desde el amanecer hasta el atardecer sin permitirles tomar un descanso obligatorio de dos horas al mediodía. La Corona creía que los capataces estaban "tratando [a los naturales] como esclavos, lo cual [estaba] estrictamente prohibido por las leyes". Sin embargo, la orden del consejo cayó en oídos sordos, ya que a menudo dependía de los mismos administradores locales que perpetraban el abuso para hacer cumplir los mandatos reales.