Los sacerdotes llegaron detrás de los invasores europeos para comenzar la conversión religiosa de los indígenas. Los primeros clérigos que llegaron a México pertenecían a órdenes religiosas, que eran fraternidades espirituales gobernadas por reglas, como la Orden Franciscana, Dominica y Agustina. Los miembros de estas comunidades tomaban votos de pobreza, castidad y obediencia y vivían inicialmente una vida de reclusión para la contemplación religiosa. Sin embargo, la empresa colonial pronto empujó a algunos de estos mendicantes hacia el "Nuevo Mundo".

La Iglesia Católica y la Corona Española encargaron a los frailes mendicantes convertidos en misioneros la aculturación de los indígenas. El desafío principal estaba en traducir conceptos y creencias cristianas. Inicialmente, los frailes se comunicaron con imágenes que ilustraban historias bíblicas, a lo largo de las líneas de lo que esta escena dibujada a mano representa: En la parte inferior de la composición, un fraile franciscano usa un palo para señalar elementos de la escena de la crucifixión en el fondo para enseñar a los catecúmenos indígenas que están sentados frente a él.

Los misioneros normalmente dividían a las familias en sus actividades de conversión para "conquistar" almas. Los frailes separaban a los adultos de los niños y a las mujeres de los hombres cuando predicaban y administraban los sacramentos, o ceremonias religiosas que impartían gracia espiritual a los individuos. Trastornando las relaciones entre padres e hijos, los sacerdotes convertían a los niños en ayudantes del altar y alentaban a los niños a delatar a sus padres si presenciaban comportamientos "idolátricos" en casa.

Este diagrama demuestra el trabajo espiritual que los misioneros llevaron a cabo en la Nueva España entre los indígenas. Lo más importante fue el catecismo, o la enseñanza de la doctrina cristiana, como se ve en la esquina superior izquierda de esta ilustración: el fraile franciscano Fr. Pedro de Gante señala imágenes para comunicar conceptos cristianos. También representa la administración de los ritos sacramentales de los misioneros, incluyendo el bautismo, la comunión, la confesión, la penitencia y el matrimonio. Este último ritual fue quizás el cambio cultural más perjudicial que los frailes implementaron; el cristianismo impuso la monogamia en una cultura polígama, destruyendo los matrimonios ya establecidos y las líneas hereditarias.

A través de estos ritos y ceremonias, los frailes también estaban instituyendo conceptos de tiempo occidentales. Los ritos sacramentales establecieron un curso de vida cristiana en los indígenas que comenzaba con el bautismo poco después del nacimiento y terminaba con la extrema unción, o los últimos ritos. También les impusieron el calendario cristiano anual a través de fiestas públicas durante los días de los santos.

Los misioneros también intentaron regular la vida diaria de los catecúmenos. Colgaban una campana en el punto más alto de sus iglesias conventuales, que estaban ubicadas en el centro del pueblo, para que su repique pudiera escucharse en toda la ciudad y sus alrededores. Por ejemplo, los agustinos en Quatlatlauca erigieron una torre de campanario como se ve en este mapa. A lo largo del día, los frailes y sus asistentes la hacían sonar para señalar las horas del día y hacer cumplir un horario occidental europeo.

Los grupos indígenas no siempre cumplían con los mandatos de los colonizadores religiosos. Algunas comunidades encontraron paralelos entre el sistema de creencias cristianas y nahua y practicaron el último bajo la apariencia del primero. Otros grupos, como los de las fronteras del norte de México, rechazaron vehementemente a los misioneros hasta el siglo XVII.

Las ilustraciones que enmarcan este voto de profesión a la Orden de San Agustín hacen referencia al peligro percibido del trabajo misionero. Entre las representaciones de criaturas míticas parecidas al diablo y figuras desnudas, hay una escena en la esquina superior derecha de un indígena colgando a un fraile. En la parte inferior del marco, otra escena muestra a dos frailes arrodillados hacia ángeles que sostienen un corazón ardiente, el emblema agustino, mientras que dos flechas giran hacia ellos, con Jesucristo y San Agustín presenciando el evento desde cada esquina.

Sin embargo, la amenaza y el potencial martirio no disuadieron a los hombres religiosamente inclinados de unirse a las órdenes mendicantes para participar en la empresa colonial. El mapa a continuación indica los lugares de nacimiento de los frailes admitidos en la Orden de San Agustín en los conventos de la Nueva España durante el siglo XVI. Para obtener más información sobre esta orden religiosa, visite el proyecto digital The Augustinian Order in Sixteenth-Century Mexico.