En 1808, el ejército del emperador francés Napoleón Bonaparte ocupó los reinos españoles de Navarra y Cataluña. La invasión fue precisamente lo que los españoles temían cuando Carlos IV, el rey de España, permitió que las tropas francesas cruzaran España para atacar a Portugal en el Tratado de Fontainebleau (1807). A este punto, la nobleza española, particularmente el príncipe Fernando, ya resentía la ineptitud de Carlos IV y la autoridad del primer ministro Manuel Godoy, quien había ascendido al poder desde orígenes humildes.

Exacerbada por la continua crisis económica que resultó de la pérdida de la armada española en la Batalla de Trafalgar (1804), la ciudad de Aranjuez se levantó contra el rey y Godoy del 17 al 19 de marzo. Poniéndose del lado de los rebeldes, el Consejo Real Español obligó a Carlos IV a abdicar y nombró a su hijo Fernando VII como rey. Buscando ser reconocidos como los gobernantes legítimos de España, padre e hijo recurrieron a Napoleón, quien a su vez los destronó a ambos el 5 de mayo.

Al mes siguiente, Bonaparte instaló a su hermano José como rey, llevando a España al dominio francés. Tratando de abordar el vacío de poder resultante y contrarrestar la invasión francesa, antiguos y nuevos consejos de gobierno regional surgieron en toda España, eventualmente coalesciendo bajo la autoridad del Consejo Supremo en Aranjuez el 25 de septiembre. En la Nueva España, el Arzobispo-Virrey Lizana y Beaumont y otros funcionarios emitieron proclamaciones públicas como las que se muestran aquí en contra de la usurpación francesa.

La sequía, la inflación económica y su efecto devastador en la clase indígena y trabajadora llevaron al Grito de Independencia del Padre Miguel Hidalgo. Mientras Hidalgo, Doña Josefa Ortiz de Domínguez y otros miembros de un club literario local en el pueblo de Dolores (en la actualidad Hidalgo, Guanajuato) abogaban por la lealtad a Fernando VII, argumentaban que muchos gachupines, o peninsulares, servían a Napoleón; por lo tanto, estos traidores debían ser arrestados y su riqueza confiscada en beneficio del pueblo. Después de planear una insurrección, Hidalgo sonó las campanas de la iglesia el 16 de septiembre de 1810 y llamó a los indígenas y a los mestizos a rebelarse. El movimiento insurgente se convirtió pronto en una multitud que tomó Atotonilco (donde el Padre Hidalgo presumiblemente tomó la bandera de Guadalupe), San Miguel y Celaya, encontrando su primera oposición significativa del ejército español en Guanajuato.

José María Morelos asumió el liderazgo después de Hidalgo y Allende, dirigiendo cuatro campañas contra las fuerzas realistas. Los conceptos de liberalismo y nacionalismo fueron fundamentales para unir a las personas indígenas, negras y mestizas con los españoles bajo el objetivo común de la independencia. Así, en un momento, Morelos ordenó a todos los intendentes y magistrados provinciales que liberaran a cualquier esclavo en sus territorios y limitaran la servidumbre indígena en las haciendas españolas.

Finalmente, las fuerzas reales capturaron y ejecutaron a Morelos en 1815. Viendo esto como una oportunidad para sofocar la rebelión en todo el territorio, el virrey Juan Ruiz de Apodaca instituyó al año siguiente el indulto, o el perdón para los líderes insurgentes, lo que condujo a un par de años de paz relativa en la Nueva España. Sin embargo, los grupos pro independencia en la Nueva España continuaron rechazando la autoridad española. En esta carta de 1816, Antonio López de Santa Anna informa sobre tal rebelión en Veracruz.

En enero de 1820, el Coronel Rafael de Riego se rebeló en Andalucía, España, y exigió que Fernando VII jurara la Constitución de Cádiz de 1812. El virrey Juan Ruiz de Apodaca hizo lo mismo unos meses después, sorprendiendo a los novohispanos; temían que la proclamación del virrey sugiriera una ola entrante de liberalismo, que inevitablemente eliminaría los privilegios eclesiásticos y militares.

El virrey Apodaca y el Inquisidor General Matías de Monteagudo, finalmente conspiraron para hacer independiente a la Nueva España. Cuando el líder insurgente Vicente Guerrero se enteró de esto, intentó dos veces reclutar a José Gabriel de Armijo, general de las fuerzas realistas. Esto no tuvo éxito, ya que Armijo renunció más tarde debido a diferencias con el virrey.

En noviembre de 1820, el virrey Apodaca nombró a Agustín Iturbide como reemplazo de Armijo. Los primeros asaltos de Iturbide contra los ejércitos de Guerrero no tuvieron éxito. Finalmente reconoció que la independencia solo se podría lograr si los realistas se unían a los insurgentes. En febrero de 1821, Iturbide se reunió con Guerrero y redactó el Plan de Iguala, al que se unió más tarde Armijo para liderar una de las facciones en el Ejército de las Tres Garantías.

Poco después de que las fuerzas se unieran, los líderes militares españoles depusieron al virrey Apodaca, quien fue reemplazado por Juan O'Donojú. Sin embargo, lo inevitable finalmente ocurrió en agosto de 1821: Iturbide se reunió con O'Donojú y lo convenció de que el intento español de controlar a los insurgentes era inútil. El nuevo virrey firmó el Tratado de Córdoba, que puso fin a la Guerra de Independencia y reconoció la soberanía de México.