Aunque los textos doctrinales y lingüísticos para la "conquista espiritual" dominaron la producción literaria en la colonia, la élite letrada de la Nueva España también produjo y consumió escritos sobre una variedad de temas. Estos incluían astronomía, matemáticas, medicina, filosofía, teología, historia y literatura, entre otros. Para ver algunos ejemplos, puede visitar el proyecto Primeros Libros de las Américas.

A lo largo de los siglos, los manuscritos y los libros impresos a menudo sirvieron como armas en campos de batalla ideológicos. Desde el principio, los europeos escribieron tratados sobre la humanidad de los indígenas mientras debatían su lugar en la sociedad. Buscando participar en esta argumentación, intelectuales nahua y mestizos, como Juan Buenaventura Zapata y Mendoza y Juan Bautista Pomar, escribieron historias indígenas locales para enmarcar su identidad étnica como una contribución al imperio. Abrazando estas historias, los criollos, o españoles nacidos en América, las utilizaron para contrarrestar la idea predominante de que eran menos racionales que los peninsulares, o españoles nacidos en la península ibérica, debido al clima americano. A continuación, se presentan algunos ejemplos que demuestran cómo se desarrolló la cultura novohispana en las producciones intelectuales.

Las culturas indígenas y europeas a menudo miraban al cielo para entender su lugar en el tiempo y el espacio. Una estrella en particular, el Cometa de Kirch, dividiría a la élite letrada de México cuando cruzó los cielos americanos en 1680. Tanto las creencias europeas tradicionales como las indígenas consideraban los cometas como malos presagios que en su mayoría anunciaban la muerte de un gobernante, la guerra o la hambruna.

En un intento por apaciguar a las masas, el polímata criollo Carlos de Sigüenza y Góngora escribió el polémico Manifiesto filosófico contra los cometas (1681) para desmitificar estos cuerpos celestes. En defensa del pensamiento convencional, Eusebio Francisco Kino, un jesuita italiano conocido principalmente por su trabajo misionero en California, escribió la Exposición astronómica de el cometa (1681) e ilustró la trayectoria del cometa en el. Sin embargo, subyacente a esta confrontación pública estaba la creencia de que los criollos eran intelectual y moralmente deficientes debido a su nacimiento o crianza en las "calurosas y húmedas" Américas.

Quizás la más conocida fue Sor Juana Inés de la Cruz, una criolla. No cumpliendo totalmente con sus votos religiosos de 1669 de vivir en obediencia, pobreza y claustro perpetuo, participó activamente en los debates intelectuales de la Nueva España. Alabada como la "Décima Musa" por sus contemporáneos, contrarrestó, con su vida y escritos, las percepciones negativas de los españoles nacidos en América por parte de los europeos.

El patriarcado y la misoginia silenciaron la franqueza de Sor Juana cuando criticó un sermón del jesuita António Vieyra en 1690. Amonestada por el Arzobispo de México por intentar participar en un debate teológico, se retiró del discurso intelectual y se dedicó al cuidado de las hermanas enfermas en su convento. Siempre poeta, renovó sus votos religiosos al final de su vida (vistos aquí) y los firmó con su sangre, esperando que "toda se derramara en defensa de la Santa Fe" ya que ella era "la peor del mundo".

Como se vio en el caso de Sor Juana, la vida intelectual colonial no estaría sin restricciones. La Corona estableció el Santo Oficio de la Inquisición para vigilar y mantener la ortodoxia en la Nueva España. Parte de este trabajo implicaba la inspección de bibliotecas y libros. Los agentes de la Inquisición escrutaban obras importadas y cuestionables, sin importar quién las hubiera escrito u poseído. Por ejemplo, la Inquisición encargó a su censor de libros, el fraile agustino Pedro de Agurto, que examinara la copia del primer Obispo de México, Juan de Zumárraga, del libro De optimo de Thomas More. El fraile dejó notas en los márgenes y tachó numerosas partes del texto como parte de su revisión. A partir de estas reseñas de libros y las que provenían de la Península Ibérica, el Santo Oficio novohispano también publicó índices de libros prohibidos. Los funcionarios de la Inquisición colocaban estas listas en lugares públicos para que todos pudieran leerlas con la expectativa de que aquellos que poseyeran estas impresiones prohibidas las entregaran para su censura o destrucción.